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    Document   : formCompNet
    Created on : 26-feb-2014, 10:57:43
    Author     : Juan
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    </head>
    <body id="page2" onload="javascript:cambiarVisualizacionFormularioKegg();">
        <div class="extra">
            <!--==============================header=================================-->
            <header>
                <%@include file="../disenoWeb/divHeader.jsp" %>
                <div class="menu-row">
                    <div class="menu-bg">
                        <div class="main">
                            <nav class="indent-left">
                                <ul class="menu wrapper">
                                    <%@include file="menuComparar.html" %>
                                </ul>
                            </nav>
                        </div>
                    </div>
                </div>
                <div class="row-bot">
                    <div class="center-shadow">
                    </div>
                </div>
            </header>

            <!--==============================content================================-->
            <section id="content" >
                <div class="content-bg">
                    <div class="main">
                        
                        <%                            /*Se lee el fichero orgKegg.txt para obtener la lista de todos los organismos*/
                            String separator = OS.getDirectorySeparator();
                            String ubicacion = application.getRealPath(separator + "WEB-INF" + separator + "datos");

                            /*Se recoge el organismo seleccionado para que cuando sea distinto de null
                             deje de mostrar la lista de organismos y muestre la carga de ficheros*/
                            String submit_organismo = request.getParameter("submit_organismo");
                            if (submit_organismo == null) {

                        %>
                        <h3>Type of Comparison Networks</h3>
                        <form method="post" id="form_select_orgs" >





                            <br/>
                            <h5><input id="radioKegg" checked="checked"  type="radio" name="redComparar" value="kegg" onclick="javascript:cambiarVisualizacionFormularioKegg();"/> 
                                KEGG Network</h5>
                            <br />
                            <select id="organismos_kegg" name="orgs">
                                <%                                    String ficKegg = "orgKegg.txt";
                                    File archivoKegg = new File(ubicacion + separator + ficKegg);
                                    List<String> listaKegg = Txt.listaOrg(archivoKegg);/*Se lee el fichero orgKegg.txt para obtener la lista de todos los organismos*/

                                    for (int i = 1; i < listaKegg.size(); i = i + 2) {

                                        if (i == 1) {
                                %><optgroup label="Animals"><%
                                } else if (i == 78 * 2 + 1) {
                                    %><optgroup label="Plants"><%
                                    } else if (i == 108 * 2 + 1) {
                                    %><optgroup label="Fungis"><%
                                    } else if (i == 179 * 2 + 1) {
                                    %><optgroup label="Prototits"><%
                                        }%>
                                    <option value=<%=listaKegg.get(i - 1)%>><%=listaKegg.get(i)%></option>
                                    <%}
                                    %>
                            </select>
                            <!-- End Option BD KEGG -->
                            <br />

                            <!-- Option BD GO -->
                            <h5><input id="radioGO" type="radio" name="redComparar" value="go" onclick="javascript:cambiarVisualizacionFormularioGO();"/> 
                                GO Network</h5>
                            <br />
                            <select id="organismos_go" name="orgsg">
                                <%                            /*Se lee el fichero orgGO.txt para obtener la lista de todos los organismos*/
                                    String ficGO = "orgGO.txt";
                                    File archivoGO = new File(ubicacion + separator + ficGO);
                                    List<String> listaGO = Txt.listaOrgGO(archivoGO);

                                    for (int i = 1; i < listaGO.size(); i = i + 2) {

                                %>    
                                <option value=<%=listaGO.get(i - 1)%>><%=listaGO.get(i)%></option>
                                <%}
                                %>
                            </select>
                            <!-- End Option BD GO -->


                            <h5 style="margin-top: 20px;"><input id="radioSif"  type="radio" name="redComparar" value="sif" onclick="javascript:cambiarVisualizacionFormularioSif();"/> 
                                Input Network</h5>

                            </br>
                            <button type="submit" name="submit_organismo" value=" Aceptar ">Accept</button>



                        </form>

                        <%} else {
                            /*Se coloca el organismo en session para luego utilizarlo en operaciones posteriores*/
                            String carpeta = request.getParameter("orgs");
                            session.setAttribute("carpeta", carpeta);

                            String carpetag = request.getParameter("orgsg");
                            session.setAttribute("carpetag", carpetag);

                            String opcionElegida = request.getParameter("redComparar");
                            session.setAttribute("opcionElegida", opcionElegida);

                        %>

                        <jsp:forward page="netComparison.jsp"/>
                        <%                                }%>
                    </div>
                    <div class="block"></div>
                </div>
            </section>
        </div>

        <!--==============================footer=================================-->
        <footer>
            <%@include file="../disenoWeb/footer.html" %>
        </footer>

        <%
            //En caso de que el usuario no suba un fichero .sif, se le avisara con una alerta

            String error = (String) session.getAttribute("error");
            if (error != null) {
        %><script>alert("The input file is not formatted correctly. It must be a sif file.");</script><%
                session.removeAttribute("error");

            }%>
        <script type="text/javascript"> Cufon.now();</script>
    </body>
</html>


